
Pierwsza jednostka organizacyjna Uczelni, zajmująca się medycyną rodzinną została utworzona zarządzeniem Rektora Akademii Medycznej im. Mikołaja Kopernika w Krakowie w lutym 1993 r. jako Pracownia Medycyny Rodzinnej wchodząca w skład Katedry Gerontologii i Medycyny Rodzinnej, kierowanej przez prof. dr hab. Józefa Kocembę. W kolejnych latach Pracownia Medycyny Rodzinnej wchodziła w skład Katedry Chorób Wewnętrznych i Gerontologii CMUJ kierowanej przez prof. dr hab. Tomasza Grodzickiego.
W listopadzie 1993 r. Minister Zdrowia i Opieki Społecznej na bazie Pracowni Medycyny Rodzinnej powołał Regionalny Ośrodek Kształcenia Lekarzy Rodzinnych, wyznaczając jego obszar działania obejmujący początkowo ówczesne województwa: krakowskie. tarnowskie, rzeszowskie, przemyskie, nowosądeckie i krośnieńskie, a nieco później również kieleckie.
Początkowo siedziba Pracowni mieściła się gościnnie w pomieszczeniach Kliniki Geriatrii oraz Instytutu Zdrowia Publicznego, by następnie przenieść się do zaadaptowanego na ten cel, wyremontowanego i wyposażonego ze środków programu PHARE budynku w Krakowie przy ul. Bocheńskiej4. W roku 2010 Pracownia została przekształcona w Zakład Medycyny Rodzinnej. Dziesięć lat później- w 2020 roku -Zakład został wyłączony ze struktury Katedry Chorób Wewnętrznych i Gerontologii aby stać się Katedrą.
Katedra Medycyny Rodzinnej UJ CM, jako samodzielna jednostka w strukturze organizacyjnej Wydziału Lekarskiego UJ CM funkcjonuje od dnia 1 maja 2020 (zgodnie z Zarządzeniem nr 38 Rektora Uniwersytetu |Jagiellońskiego z dnia 15 kwietnia 2020 roku). Kierownikiem Katedry jest prof. dr hab. Adam Windak, który kierował też wszystkimi wcześniejszymi jednostkami organizacyjnymi Uczelni, zajmującymi się medycyną rodzinną.